Kratos recebe uma mensagem dos Deuses pedindo sua morte mas ele recusa e mata todos os deuses para derrotar o Rei da Persa e seu Basilisco, e Kratos parte até a cidade de Atenas para derrotá-los.
Após derrotar o Rei Persa e o Basilisco, O Sol cai do céu, Hélios começa a perder poder, porque foi raptado e levado ao mundo dos mortos pelo titã Atlas, e Morpheus, Deus dos Sonhos. Kratos escala o templo do deus do Sol, Atena pede que Kratos retorne Hélios ao céu, caso contrário, os deuses e os humanos não sobreviveriam.
Kratos leva Hélios ao céu, mas acaba caindo nos domínios de Hades, lá ele enfrenta Charon e acaba caindo na prisão dele. Após algum tempo, Kratos sai da prisão e enfrenta Charon, matando-o.
Kratos começa uma longa viagem, chegando aos Campos Elíseos (Paraíso), onde encontra sua filha: Calliope (que pensava estar morta).
Kratos acaba encontrando a esposa de Hades, Perséfone, que o obriga a perder todas as suas armas e deixar de ser o Fantasma de Esparta, para ter parte de sua família de volta nos Campos Elíseos (que não era objetivo de Kratos até encontrar sua filha).
A felicidade de Kratos dura pouco, pois ele descobre que isso foi uma manobra de Perséfone, a verdadeira mentora do rapto de Hélios, disposta a destruir o Olimpo, o Inferno e Elíseos para se livrar do odioso cargo de Rainha do Inferno.
Disposto a sacrificar a si mesmo para salvar sua filha, Kratos destrói almas puras para se corromper e voltar ao inferno, onde mata Perséfone e condena Atlas a carregar o mundo nas costas.
